《秘密授课》是一部发生在精英贵族学院的校园奇幻恋爱漫画，讲述家境贫寒却成绩优异的女主角秦雪，意外被任命为学院“最危险班级”的特别辅导员。这个班级聚集了全校最有权势却最叛逆的六位学生，每个人都背负着家族的秘密与诅咒。秦雪在授课过程中发现，这个班级的前任辅导员全部神秘失踪，而学生们深夜会在老教学楼进行某种“秘密仪式”。随着她一步步揭开真相，她意识到自己被选中的原因——她拥有罕见的“纯白灵瞳”，能看穿一切伪装与诅咒。在帮助学生们摆脱家族宿命的同时，秦雪也与班级领袖、冷漠孤高的顾夜寒之间产生了微妙的情感纠葛，两人在信任与怀疑之间反复拉扯，共同对抗隐藏在学院深处的古老邪灵。
秦雪在深夜撞破学生们的秘密仪式时，被仪式中溢出的暗影力量冲击，双瞳骤然变为纯白色。她第一次清晰看见了缠绕在每个学生身上的家族诅咒——被火焰缠绕的顾夜寒、背后有锁链的苏小小、眉心插着黑剑的陈默。
秦雪在图书馆夹层找到一本焦黑的笔记本，前任辅导员在最后一页用血写着“他们不是被诅咒的孩子——他们是封印本身”。秦雪震惊地意识到，六个学生体内封印着同一个邪灵的六个碎片，而她的到来可能正在唤醒它。
顾夜寒在体育课上突然失控，掌心燃起幽蓝火焰差点烧伤同学。秦雪用灵瞳安抚了他的情绪，顾夜寒第一次向人坦白——他七岁时曾用这火焰烧死了自己的亲生父亲，而那天正是父亲准备将邪灵碎片移植给他的日子。
月圆之夜，老教学楼的地底传来低语，六名学生同时陷入昏迷。秦雪独自闯入地下密室，发现邪灵碎片正在尝试重组融合。她用灵瞳之力唱起一首古老的安魂曲，暂时压制了邪灵的暴动，但自己也因精神力透支吐血倒地。
看似开朗的苏小小其实每晚都被锁链缠绕的噩梦惊醒，锁链上刻着她从未见过的姓氏。秦雪帮她查证后惊讶发现，苏小小并非苏家亲生女，而是二十年前被邪灵灭门的“灵瞳一族”最后的后裔，她的灵力才是压制邪灵的关键。
秦雪在图书馆熬夜备课，顾夜寒突然出现扔给她一本《高等魔法阵导论》，冷冷说：“教我们这些垃圾教材，你活不过一个月。”秦雪怼回去：“活不活得过，我说了算。”两人在书架间针锋相对，空气中火花四溅，初遇即结下不解之缘。